农业文化遗产与许多遗产类型有很大的不同。它是一种综合性的活态遗产，要想将它继承下来并传承下去，就会涉及到方方面面的知识，仅凭以往保护非物质文化遗产、物质文化遗产，乃至自然遗产的单一型经验，来保护这一新的遗产类型，几无可能。处理不好，还会造成“保护性破坏”。要想保护好农业文化遗产，重点要处理好以下五个关系。
物质文化遗产与非物质文化遗产的关系
农业文化遗产是由与农业生产有关的物质文化遗产和非物质文化遗产共同构成的。例如，稻作梯田中的梯田、良种、农具等属物质文化遗产，而春耕、夏耘、秋收、冬藏等各色农业生产知识与经验则属非物质文化遗产。因此，需要在保护好物质文化遗产的同时还要保护好与农业生产息息相关的各种农业生产技术，梯田营造技术、谷物选种技术、病虫害防治技术、增加地力的施肥技术等等。而且，两手抓，两手都要硬。任何一种偏颇，都无法使祖先们创造并传承了千百年之久的优秀的农业文化遗产在我们手中很好地继承下来并传承下去。这是由农业文化遗产本身所具有的综合性、复合型特征所决定的。
政府与种田人的关系
农业文化遗产是中华民族的共同财富，人人都有责任、有义务保护好这笔珍贵的民族文化遗产。在中国，政府在农业文化遗产保护过程中所发挥的作用是无人能够取代的。没有政府的参与，农业文化遗产保护就会成为一句空话。但农业文化遗产是由当地种田人祖祖辈辈创造并传承下来的，他们才是这笔遗产的真正主人。因此，政府更像是这笔遗产的“大管家”，其工作是做好农业文化遗产的组织管理，如申报、监督、服务等，还包括品牌的打造、商标的申请、产品的推广、质量的监控、农作物品种的深加工等。与其他遗产类型相比，农业文化遗产更容易与市场对接，更容易产生经济效益。
长期利益与短期利益的关系
保护农业文化遗产功在当代，利在千秋。但如果仅从短期利益角度看，坚持种植传统农作物品种，坚持采用传统的“笨办法”来生产传统的无公害农产品，势必会因产量的低迷而直接影响到种田人的经济收益，甚至动摇他们坚守传统的信心。应当采取各种措施来增加种田人的经济收入，进而调动起他们的积极性。特别是在项目启动之初，在其他附加效益尚未显现之时，各级政府需要予以必要的经济扶持。因为从长远角度看，国家乃至整个人类才是农业文化遗产保护的最大受益者，政府当然应该成为这笔遗产的最大“买家”和最大的“投资人”。
人与物的关系
农业文化遗产无法脱离开人而“独立存在”，离开了种田人，农业文化遗产保护就会成为一句空话。所以，保护农业文化遗产远不像保护静态文物那么简单。在保护过程中，我们会遇到怎样挑选良种、怎样施肥、怎样打田埂、怎样防治病虫害等一系列活态传承问题。那种只见“物”，不见“人”的想法与做法，在农业文化遗产保护方面是行不通的。
保护与开发的关系
谈及“遗产”，人们会想到开发，特别是旅游开发，这是当前一些地方“申遗热”的重要原因。因为以种植传统农作物品种为基本特征的农业生产在短期内很难获得高额的经济回报，而风景如画的农业文化遗产地又很适合旅游开发，所以，通过旅游来反哺农业，更容易激发起当地人保护好农业文化遗产的积极性。但农业文化遗产这块金字招牌的最大看点是蕴含于“农业”的“文化”。如果传统稻谷品种都被改成基因稻了，传统农耕技术都被改造成了联合收割机耕作，传统农耕祭祀仪式等都消失了，还有谁会千里迢迢地来看一块随处可见的稻田呢？只有保护好农业文化遗产，旅游才会有“看点”，有“卖点”，旅游开发才会因遗产地的出色而水到渠成。
物质文化遗产与非物质文化遗产的关系
农业文化遗产是由与农业生产有关的物质文化遗产和非物质文化遗产共同构成的。例如，稻作梯田中的梯田、良种、农具等属物质文化遗产，而春耕、夏耘、秋收、冬藏等各色农业生产知识与经验则属非物质文化遗产。因此，需要在保护好物质文化遗产的同时还要保护好与农业生产息息相关的各种农业生产技术，梯田营造技术、谷物选种技术、病虫害防治技术、增加地力的施肥技术等等。而且，两手抓，两手都要硬。任何一种偏颇，都无法使祖先们创造并传承了千百年之久的优秀的农业文化遗产在我们手中很好地继承下来并传承下去。这是由农业文化遗产本身所具有的综合性、复合型特征所决定的。
政府与种田人的关系
农业文化遗产是中华民族的共同财富，人人都有责任、有义务保护好这笔珍贵的民族文化遗产。在中国，政府在农业文化遗产保护过程中所发挥的作用是无人能够取代的。没有政府的参与，农业文化遗产保护就会成为一句空话。但农业文化遗产是由当地种田人祖祖辈辈创造并传承下来的，他们才是这笔遗产的真正主人。因此，政府更像是这笔遗产的“大管家”，其工作是做好农业文化遗产的组织管理，如申报、监督、服务等，还包括品牌的打造、商标的申请、产品的推广、质量的监控、农作物品种的深加工等。与其他遗产类型相比，农业文化遗产更容易与市场对接，更容易产生经济效益。
长期利益与短期利益的关系
保护农业文化遗产功在当代，利在千秋。但如果仅从短期利益角度看，坚持种植传统农作物品种，坚持采用传统的“笨办法”来生产传统的无公害农产品，势必会因产量的低迷而直接影响到种田人的经济收益，甚至动摇他们坚守传统的信心。应当采取各种措施来增加种田人的经济收入，进而调动起他们的积极性。特别是在项目启动之初，在其他附加效益尚未显现之时，各级政府需要予以必要的经济扶持。因为从长远角度看，国家乃至整个人类才是农业文化遗产保护的最大受益者，政府当然应该成为这笔遗产的最大“买家”和最大的“投资人”。
人与物的关系
农业文化遗产无法脱离开人而“独立存在”，离开了种田人，农业文化遗产保护就会成为一句空话。所以，保护农业文化遗产远不像保护静态文物那么简单。在保护过程中，我们会遇到怎样挑选良种、怎样施肥、怎样打田埂、怎样防治病虫害等一系列活态传承问题。那种只见“物”，不见“人”的想法与做法，在农业文化遗产保护方面是行不通的。
保护与开发的关系
谈及“遗产”，人们会想到开发，特别是旅游开发，这是当前一些地方“申遗热”的重要原因。因为以种植传统农作物品种为基本特征的农业生产在短期内很难获得高额的经济回报，而风景如画的农业文化遗产地又很适合旅游开发，所以，通过旅游来反哺农业，更容易激发起当地人保护好农业文化遗产的积极性。但农业文化遗产这块金字招牌的最大看点是蕴含于“农业”的“文化”。如果传统稻谷品种都被改成基因稻了，传统农耕技术都被改造成了联合收割机耕作，传统农耕祭祀仪式等都消失了，还有谁会千里迢迢地来看一块随处可见的稻田呢？只有保护好农业文化遗产，旅游才会有“看点”，有“卖点”，旅游开发才会因遗产地的出色而水到渠成。
