防治赤潮有四种方法：一是从源头控制氮磷入海总量，降低海水富营养化程度；二是种植海草，海草可以吸收掉海水中的营养盐，而且可以用来食用，非常具备经济性；三是在近海养殖双壳类生物，如生蚝，它能过滤掉许多藻类，净化海水，但是这种方法要时刻提防水产品质量安全；四是喷洒粘土，这是一种高效消除海水赤潮的复合改性粘土，它是水溶性线性高分子化合物、无机絮凝剂和粘土矿物的组合物，喷洒粘土可以人工喷洒，也可使用喷洒设备，该方法是针对性强、见效快，可用于治理已发生的小面积赤潮。还有一些潜在的生物防治方法，目前仍在研究中。
