有机大豆是自花授粉作物，由于机械混杂、不良的气候条件和栽培条件，以及天然杂交等原因，常常造成种性变劣。所以，不能长期使用自交种子，应每三年更换一次种子。因此，必须坚持提纯复壮，搞好良种繁育工作，才能保持优良品种的种性。
有机大豆品种的提纯复壮方法
株系选择
有机大豆提纯复壮常用的方法是由单株选择、株系鉴定、混合高倍繁殖三个步骤组成。分设单株选择圃、株系比较圃、混合繁殖圃3个场圃。
单株选择圃
选择典型优良单株进行考种，单株脱粒。淘汰与原品种粒色、粒形、脐色等性状不一致的单株。
株系鉴定圃
每1单株种成1行(株系)。淘汰与原品种不一致的株系。种植设计可采用每隔10～20行种1对照行(原品种)的方式。人选株系，作下一年繁殖种。
混合繁殖圃
把上述经株系鉴定、混合收获的种子等距稀植点播，进行高倍繁殖。
经以上3圃产生的种子，称作提纯复壮的超级原种。
混合选种
在有机大豆成熟时，选择一定数量具备该品种典型性状的健壮优良单株，再经室内严格复选，混合脱粒，单独保存，作为下一年繁殖田用种。繁殖田采用先进栽培管理措施，并严格去杂去劣。
一株传
选择具有原品种典型性状的优良单株，对其后代作精细培育繁殖。此法由单系收获种子扩大繁殖，年限较株系选择法稍长些。
建立种子田
通过提纯复壮获得的有机大豆超级原种，由于种子量很少，需建立种子田，大量繁殖生产用种。
种子田的面积大小由播种种子数量和种子田的亩产量来确定。一般种子田面积为生产田或上一级种子田面积的4%～5%即可。种子田的地块选择，应选用地势平坦，排水良好，地力均匀，不重茬、迎茬的地块。增施农家肥。加强田间管理，及时间苗，适时中耕，除草、培土，使土壤疏松无杂草。开花鼓粒期间，追肥1～2次，干旱时及时灌水，及时防治病虫害。在整个生育期间，根据形态性状，在苗期、花期、成熟期，严格去杂去劣。成熟后，适时收割，严格抓好收获、脱粒等易造成机械混杂的几个环节。
